新型冠状病毒肺炎文献梳理（2020.02.10）
本文检索并整理了近两周（2020年1月26日至2020年2月8日）的病毒分子生物学研究、病毒感染检测、疫苗研究、有效抗病毒药物筛选与临床测试四个领域的文献，以供各位专家参考。
一.病毒分子生物学研究
1. 2020年2月7日《CellHost & Microbe》新型冠状病毒（2019-nCoV）的基因组组成和差异
机构或团队：中国医学科学院基础医学研究所、湖南大学生物学院、中国疾病预防控制中心等
事件概要：
中国医学科学院基础医学研究所等机构研究人员于2020年2月7日在Cell Host & Microbe杂志在线发表题为“GenomeComposition and Divergence of the Novel Coronavirus (2019-nCoV) Originating inChina”的文章，分析了新型冠状病毒（2019-nCoV）的基因组组成和差异。该研究对新发现的冠状病毒（2019-nCoV）基因组的深入注释显示，2019-nCoV与严重急性呼吸系统综合症（SARS）或SARS样冠状病毒之间存在差异。系统比较发现，这些冠状病毒之间有380个氨基酸发生取代，这可能导致了2019-nCoV的功能和致病性的差异。
原文出处：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S193131282030072X?via%3Dihub
2. 2020年2月3日《Nature》：与人类呼吸系统疾病相关的是一种新型冠状病毒
机构或团队：复旦大学上海公共卫生临床中心和公共卫生学院，华中科技大学同济医学院附属武汉市中心医院心肺危重病科，武汉市疾病预防控制中心，中国疾病预防控制中心国家传染病预防控制所，悉尼大学生命与环境科学学院与医学学院等
事件概要：
Nature期刊发表论文“A newcoronavirus associated with human respiratory disease in China”。
文章指出，重症急性呼吸综合征（SARS）和寨卡病毒（Zika）等新兴传染病对公共卫生构成了重大威胁，尽管进行了广泛的研究，但是新疾病如何出现、何时何地出现仍然不确定。最近在中国湖北省武汉市报告了一种严重的呼吸系统疾病，自第一位患者于2019年12月12日住院以来，截至2020年1月25日，已报告至少1,975例病例。流行病学调查表明，此次暴发与武汉的海鲜市场有关。科研人员研究了一名在市场上工作的患者，该患者于2019年12月26日入住武汉市中心医院，患有严重的呼吸系统综合症，包括发烧、头晕和咳嗽，通过对其支气管肺泡灌洗液样品的超基因组RNA测序，从冠状病毒科中鉴定了一种新型RNA病毒，在此设计为WH-Human-1冠状病毒。科研人员对完整病毒基因组（29,903个核苷酸）的系统进化分析表明，该病毒与一组SARS样冠状病毒（Betacoronavirus属，Sarbecovirus亚属）最相似（89.1％核苷酸相似性）。这次疫情突出表明，病毒从动物身上溢出的能力正在引起人类严重疾病。
原文出处：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2008-3
3. 2020年2月2日bioRxiv预印版：美国两家公司通过改编的FAST-NA工具识别了2019-nCoV中三个高度独特的区域
机构或团队：雷神子公司BBN 科技, Integrated DNA Technologies
事件概要：
2月2日，美国的两家公司在bioRxiv预印版平台发表论文“HighlyDistinguished Amino Acid Sequences of 2019-nCoV (Wuhan Coronavirus)”，识别了三个独特的序列区域可以将2019-nCoV与其他已知冠状病毒区分开。为了识别独特序列，研究人员改编了FAST-NA，这是一种用于筛选病原体的DNA合成命令的软件工具，它是使用最初为网络安全恶意软件检测而开发的自动签名生成方法。该程序将61个多氨基酸区域确定为2019-nCoV的重要独特序列，包括总共1669个氨基酸（3.4％独特且未重复），分布在8个非重复序列中。通过分析这8个ORF序列中独特序列区域的分布发现，其中两个具有显着高的独特含量，位于1ab多聚蛋白QHO60603.1中，一个位于表面糖蛋白QHO60594.1中。
研究人员假设这三个区域可能对理解2019-nCoV的演变和传染性，开发减轻其影响的对策以及选择诊断方法以了解和追踪该疾病的起源和传播具有重要意义，因此建议将其作为潜在的关注焦点。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文出处：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.31.929497v1
4. 2020年2月2日《bioRxiv预印版》：基因组检测冠状病毒类型工具，用于快速鉴定和表征新型冠状病毒基因组
时间：2020年2月2日
机构或团队：南非夸祖鲁-纳塔尔大学健康科学学院检验医学与医学科学学院，夸祖鲁-纳塔尔研究创新和测序平台；巴西米纳斯吉拉斯州联邦大学生物科学研究所细胞和分子遗传学实验室；南非艾滋病研究计划中心；华盛顿大学全球卫生系等
事件概要：
研究人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Genome Detective Coronavirus Typing Tool forrapid identification and characterization of novel coronavirus genomes”。
研究指出，基因组检测（Genome Detective）是一个基于Web的用户友好型软件应用程序，可以快速，准确地从下一代测序数据集中组装所有已知的病毒基因组。此应用程序允许以FASTA格式从组装的基因组中鉴定系统发生簇和基因型。自2019年发布以来，已经为导致大规模暴发的新兴病毒进行检测，如巴西的寨卡病毒（Zika）和黄热病毒（Yellow fever virus）。该研究介绍了基因组探测冠状病毒分型工具，该工具可以准确识别在中国和世界各地分离的新型冠状病毒（2019-nCoV）序列。该工具每次提交最多可以接受2000个序列，对新的完整基因组序列的分析大约需要一分钟。该工具已对十个冠状病毒物种的数百个全基因组进行了测试和验证，并正确分类了所有与SARS相关的冠状病毒（SARSr-CoV）和所有可用于2019-nCoV的公共数据。随着疫情在全球范围内的扩展，该工具还可以跟踪新的病毒突变，这可能有助于加速新型诊断方法，药物和疫苗的开发。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.31.928796v1
5. 2020年2月2日《bioRxiv预印版》：重组ACE2-Ig有效中和2019株新型冠状病毒
时间：2020年2月2日
机构或团队：第二军医大学、上海交通大学医学院、PharchoiceTherapeutics Inc
事件概要：
bioRxiv预印版平台于2月2日发表论文“Potentneutralization of 2019 novel coronavirus byrecombinant ACE2-Ig”，指出，重组ACE2-Ig可有效中和2019株新型冠状病毒。
研究人员通过将人ACE2的胞外结构域连接到人免疫球蛋白IgG1的Fc区域产生一种新的重组蛋白；同时使用一个低催化活性的ACE2突变体，并对融合蛋白进行鉴定。两种融合蛋白均与SARS-CoV和2019-nCoV的受体结合域（RBD）具有高亲和力结合，并具有理想的药理特性。此外，融合蛋白在体外能有效中和SARS-CoV和2019-nCoV。研究表明，由于这些融合蛋白对冠状病毒表现出交叉反应性，可能对2019-nCoV的诊断、预防和治疗具有潜在的应用价值。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.01.929976v1
二、病毒感染检测
1. 2020年1月15日《J MedVirol》：综述：人类呼吸道病毒感染检测的最新进展
机构或团队：浙江大学城市学院医学院、河北农业大学、纽约血液研究中心、复旦大学上海医学院
由病毒或细菌引起的呼吸道病毒感染是全球人类最常见的疾病之一，而由新兴病毒引起的疾病则是造成新型感染的疾病，例如最近导致中国武汉爆发肺炎的新型冠状病毒2019-nCoV对全球公共卫生的巨大威胁。识别呼吸道病毒感染的致病性病毒病原对于选择适当的治疗方法，挽救人们的生命，停止流行病以及避免不必要地使用抗生素很重要。常规诊断测试，例如用于快速检测抗病毒抗体或病毒抗原的测定法，已在许多临床实验室中广泛使用。随着现代技术的发展，包括多重核酸扩增和基于微阵列的测定在内的新的诊断策略正在出现。这篇综述总结了用于检测常见呼吸道病毒（例如流感病毒，人呼吸道合胞病毒（RSV），冠状病毒，人腺病毒（hAdV）和人鼻病毒（hRV））的当前可用和新颖的诊断方法。还描述了用于同时检测多种呼吸道病毒的多重测定。预计这些数据将有助于研究人员和临床医生制定适当的诊断策略，以便及时有效地检测呼吸道病毒感染。
原文出处：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jmv.25674
三.疫苗研究
1. 2020年1月24日：澳大利亚昆士兰大学正利用新技术快速开发新型冠状病毒疫苗，最短6个月可量产
机构或团队：昆士兰大学和流行病防范创新联盟（CEPI）
事件概要：
2020年1月24日，昆士兰大学官方新闻报道，流行病防范创新联盟（CEPI）已要求昆士兰大学使用其最近开发的快速反应技术为最近暴发的新型冠状病毒开发新疫苗，该疫苗最短六个月内在全球范围内使用。
昆士兰大学校长PeterH？j AC教授表示，当前疫情的流动性对国际社会构成了重大挑战。他说，“关于病毒在人与人之间传播情况，仍然有很多未知数”，“昆士兰大学与CEPI合作，正在使用其疫苗技术来应对这一全球卫生挑战”。
昆士兰大学化学与分子生物科学学院院长PaulYoung教授说，昆士兰大学拥有一种新颖的技术，可以根据病毒的基因序列信息快速开发新疫苗。他表示，“研究小组希望在未来六个月内开发出一种疫苗，以帮助遏制这次疫情”，“疫苗将分发给一线急救人员，从而有助于遏制这种病毒在世界范围内的传播”。
原文出处：
https://www.uq.edu.au/news/article/2020/01/uq-responds-coronavirus-outbreak
四.有效抗病毒药物研究与临床试验
1. 2020年2月7日《Virologica Sinica》：ACE2功能补偿在2019-nCoV致急性肺损伤的临床管理中的作用
机构或团队：乔治·梅森大学系统生物学学院
事件概要：
美国乔治·梅森大学系统生物学学院的科研人员在VirologicaSinica上发表论文“Compensationof ACE2 Function for Possible Clinical Management of 2019-nCoV-Induced AcuteLung Injury”，尝试提出ACE2对2019-nCoV冠状病毒临床治疗中的作用。
文章指出，2019-nCoV病毒感染导致一系列严重的呼吸系统疾病，例如急性呼吸窘迫综合征（ARDS），类似于SARS-CoV（严重急性呼吸综合征冠状病毒）引起的疾病。2019-nCoV和SARS-CoV都使用相同的受体ACE2（血管紧张素转化酶2）感染细胞，ACE2是肾素-血管紧张素系统（RAS）的中心酶之一，可调节血压，体液和电解质平衡以及全身血管阻力。文章分析了前人的动物研究结果，提出补偿ACE2和平衡ACE/ ACE2功能可能是减轻病毒引起的严重肺损伤的一种方法。文章提出可测试或开发几种潜在的治疗方法。首先，未来可能会通过直接注射重组ACE2蛋白并通过递送高水平表达的治疗载体来开发增加ACE2表达的疗法，ACE2直接进入肺组织以克服病毒引起的ACE2缺乏；其次，某些ACE抑制剂（如赖诺普利）可用于平衡ACE/ ACE2功能；此外，治疗性Ang-（1-7）七肽可被释放以激活其受体MAS并抵消AngII的活性。此外，也可以测试阻断AngII受体的药物。特别是，I型而不是II型AngII受体已被证明可通过诱导肺水肿和损害肺功能来促进疾病发病，因此，可以测试I型AngII受体阻滞剂，如氯沙坦，以减轻2019-nCoV诱导的肺损伤。
最后作者认为目前尚无有效的药物可治疗2019-nCoV引起的肺损伤，尽管ACE被认为是主要的AngII转化酶，但在某些可能需要引起注意的病理条件下，另一种酶（糜酶）也参与了AngII的转化。此外，冠状病毒的发病机理是一个非常复杂的过程，2019-nCoV感染中宿主与病原体相互作用的许多必要细节有待调查。文章提出的这些潜在治疗中的某些方法是否可以有效或有益于2019-nCoV诱导的肺损伤的治疗，还有待临床测试。
原文出处：https://link.springer.xilesou.top/article/10.1007/s12250-020-00205-6
2.2020年1月29日bioRxiv预印版：高通量筛选靶向2019-nCoV主蛋白酶的治疗药物，筛选到4种已上市药物
机构或团队：四川大学、陆军医科大学
事件概要：
SARS-CoV的主蛋白酶对于病毒的生命周期至关重要，且与2019-nCoV的主蛋白酶有96.1％相似性，被认为是药物开发的热点靶标。该研究团队基于8,000个临床药物的资料库，通过高通量筛选，收获了690个可能与SARS-CoV主蛋白酶结合的分子，但其中大多数是染料、毒素和抗肿瘤药物，具有很强的副作用，排除了这些分子和其它神经系统药物后，剩下了约50个分子，然后从中选择了可销售的药物，以进行进一步的动力学和生化分析。最终，鉴定出了普卢利沙星（Prulifloxacin）、Bictegravir、奈非那韦（Nelfinavir）和Tegobuvir等4种与SARS-CoV主蛋白酶具有高结合能力的小分子药物。结果发表在bioRxiv预印版平台，题为“TherapeuticDrugs Targeting 2019-nCoV Main Protease by High-Throughput Screening”。
通过使用SeeSAR的亲和力和理化性质分析证实，Prulifloxacin和Bictegravir比Nelfinavir更优选。基于靶蛋白结合口袋的功能，表明这些分子应具有阻断活性位点或中断病毒蛋白二聚体形成的能力。所有这些药物已被广泛用于临床应用中，并确保了安全性，因此这些药物可以作为抗2019-nCoV感染的候选药物。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文出处：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.28.922922v1
3.2020年1月29日bioRxiv预印版：中科院团队从临床批准药物中分析预测出10种2019-nCoV冠状病毒主蛋白酶的潜在抑制剂，可能比洛匹那韦/利托那韦具有更高的突变耐受性
机构或团队：中科院遗传与发育生物学研究所、中国科学院大学、中科院种子创新研究院
事件概要:
根据结构信息，研究人员通过计算方法，预测了10种可能与2019-nCoV的M蛋白酶（Mpro）结合形成氢键的临床药物，并且药物可能比Lopinavir/Ritonavir具有更高的突变耐受性，这些药物可能对其它具有相似Mpro结合位点和结构的冠状病毒也有效。这些药物包括：粘菌素(Colistin)、戊柔比星(Valrubicin)、艾替班特(Icatibant)、贝托斯汀(Bepotastine)、表柔比星(Epirubcin)、依前列醇(Epoprostenol)、伐普肽(Vapreotide)、阿瑞匹坦(Aprepitant)、卡泊芬净(Caspofungin)和奋乃静(Perphenazine)等。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文出处：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.924100v1
4. 2020年2月《中国抗生素杂志》综述：药物和疫苗：认识新型冠状病毒肺炎，关注疫情防控药物研发
机构或团队：天津药物研究院释药技术与药代动力学国家重点实验室、天津滨海食品药品监管科学研究中心、天津大学化工学院
摘要：2019新型冠状病毒(2019-nCoV)于2019年在武汉被发现。由于疫情事关人民群众生命安全和身体健康，事关经济社会发展大局，此次疫情得到世界卫生组织高度重视。党中央和国务院将防控疫情发展当做当前头等大事。本文从对冠状病毒与新型冠状病毒发生发展的认识、新型冠状病毒的特性、疫苗预防、治疗药物应用和治疗药物研发等进行综述评价。聚焦新型冠状病毒及疫情的发展、落实预防为主方针和加强重大疫情管理,作者基于有关认识提出有关强化我国公共卫生体系建设、守正创新和加强科学开发和应用的基础研究等方面提的建议。
基于临床疗效做好老药新用：(1)瑞德西韦(remdesivir)(2) 洛匹那韦/利托那韦(lopinavir-ritonavir)(3)氨溴索(ambroxol)
疫苗研究开发：据报道中国疾控中心研发团队、香港大学研发团队和清华大学的生物科学家都取得一些进展，都透露获得了疫苗的病毒种子信息，奠定了开发新疫苗的基础。英国皇家理工学院的专家在获得分享中国的病毒序列后，报告有两种疫苗产品正在进行动物实验。美国国立卫生研究院与美国剑桥生物技术公司合作开发疫苗估计3个月后能进入临床的人体实验。还有美国Moderna公司等联合开发的疫苗希望在10周内将基因序列导入所形成的疫苗用于临床实验。
原文链接：
http://subject.med.wanfangdata.com.cn/UpLoad/Files/202002/4bce061553fa48529305a4abd2c18101.pdf
（资料来源：中国科讯、春风实验室、2019-nCoV科研动态监测）
