新型冠状病毒肺炎文献梳理（2020.02.22）
本文检索并整理了世卫组织公布新冠病毒全球研究的九大重点：新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法；识别动物宿主；流行病学研究；临床特征和管理；疫情防控；候选疗法的研发；候选疫苗的研发；伦理评估；应对疫情相关的社会科学层面诸多问题的潜在驱动因素九个领域的新文献，共梳理出11篇文献，供参考。详情如下：
一、新冠病毒的自然史、传播模式和诊断方法
1. 2020年2月19日《The Lancet Gastroenterology & Hepatology》冠状病毒的肠道感染：SARS-CoV-2的粪口传播的可能性
机构或团队：新加坡陈笃生医院
事件概要：
2月19日，《柳叶刀肠胃病和肝病学》The Lancet Gastroenterology & Hepatology发表了新加坡陈笃生医院的评论文章“Enteric involvement of coronaviruses: is faecal–oral transmission of SARS-CoV-2 possible？”，讨论了新型冠状病毒粪口传播的可能性。
现有数据支持SARS-CoV和MERS-CoV可存活环境能促进其粪口传播这种观点。在北京的两家治疗SARS患者的医院的污水中发现了SARS-CoV的RNA。当在另一项实验中将SARS-CoV接种到从医院获得的污水中时，发现该病毒在4°C条间下14天内仍具有传染性，但在20°C下仅持续2天。SARS-CoV干燥后最多可存活2周，在22–25°C和40–50％的相对湿度下仍可存活5天，此后病毒感染力逐渐降低。SARS-CoV的生存力在38°C和80-90％相对湿度下24小时后下降。MERS-CoV在低温、低湿度条件下是可生存的，其可在20°C和40％相对湿度下在不同表面上存活48小时，尽管在30°C和80％相对湿度条件下可存活到8小时。目前，没有SARS-CoV-2的存活力数据。在武汉的早期报道中，2%-10％的COVID-19患者出现胃肠道症状，例如腹泻，腹痛和呕吐。重症监护病房的患者中有腹部疼痛的发生率高于不需要重症监护病房，并且有10％的患者在发烧和呼吸道症状出现前1-2天出现腹泻和恶心。在美国，患者的粪便中检测到SARS-CoV-2 的RNA。
SARS-CoV和MERS-CoV在各种条件下的生存能力以及它们在环境中的长期存在表明冠状病毒有可能通过接触或污染物传播。SARS-CoV和MERS-CoV都可以在低温和低湿的条件下生存。尽管直接飞沫传播是重要的传播途径，但粪便排泄、环境污染和污染物可能会导致病毒传播。该文章认为考虑到SARS-CoV和MERS-CoV的粪便排泄的证据，以及它们在有利于粪口传播的条件下保持生存的能力，SARS-CoV-2也可能通过此途径传播。
该文章表示，SARS-CoV-2粪口传播的可能性具有影响，特别是在卫生条件差的地区。在处理被冠状病毒感染的患者的粪便时，必须采取严格的预防措施，并且还应对医院的污水进行适当的消毒。应强调经常和适当的手部卫生的重要性。
此外，该文章指出，关于SARS-CoV-2粪口传播的可能性的未来研究应包括环境研究，以确定该病毒在有利于这种传播的条件下是否仍能存活。需要调查粪便中SARS-CoV-2 的RNA的浓度是否与疾病的严重程度以及是否存在胃肠道症状相关，以及是否可以在COVID-19的潜伏期或恢复期检测到粪便中SARS- CoV-2的RNA。
原文链接：
https://www.thelancet.com/journals/langas/article/PIIS2468-1253(20)30048-0/fulltext
2. 2020年2月19日ChemRxiv预印版：可在家、医院和入境点使用的COVID-19单级和两级封闭式分子检测，可以显著减少假阴性
机构或团队：
美国宾夕法尼亚大学
事件概要：
美国宾夕法尼亚大学的研究人员在ChemRxiv预印版平台发表题目为“A Single and Two-Stage, Closed-Tube, Molecular Test for the 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) at Home, Clinic, and Points of Entry”的文章，描述了一种快速、高度灵敏的、即时的分子检测方法，适合于在家中、临床、入境点以及受过最少培训的人员和最少仪器设备的情况下使用。测试基于环介导的等温扩增（COVID-19 LAMP），并且为了对嵌套核酸具有更高的敏感性，采用了两阶段等温扩增（COVID-19 Penn-RAMP）。两种测试都可以在具有荧光或比色法（例如，无色结晶紫LCV）检测的密闭试管中进行。COVID-19 LAMP的性能与COVID-19 RT-PCR相当。COVID-19 RAMP在检测纯化靶点时的灵敏度是COVID-19 LAMP和COVID-19 RT-PCR的10倍，在检测快速制备的样品模拟物时的灵敏度是COVID-19 LAMP和COVID-19 RT-PCR的100倍。
由于在美国缺乏COVID-19感染病例，研究人员无法使用患者样本来测试该测定和方法。他们希望上述测试将由受影响国家的同事进行。该封闭式Penn-RAMP测试方法可以显著减少假阴性，同时只需最少的仪器和培训即可使用。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://chemrxiv.org/articles/A_Single_and_Two-Stage_Closed-Tube_Molecular_Test_for_the_2019_Novel_Coronavirus_COVID-19_at_Home_Clinic_and_Points_of_Entry/11860137
二、识别动物宿主
1. 2020年2月20日bioRxiv预印版：马来亚穿山甲中2019-nCoV样冠状病毒的分离与表征
机构或团队：华南农业大学兽医学院；岭南现代农业科学与技术广东省实验室；广州动物园等
事件概要：
bioRxiv于2月20日出版了华南农业大学等发表的预印本论文“Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins”。
文章指出，新型冠状病毒与SARS-CoV和一种新鉴定的蝙蝠冠状病毒具有高度的序列一致性。尽管蝙蝠可能是多种冠状病毒的宿主，但2019-nCoV是否还有其他宿主仍然不清楚。
在这项研究中，研究团队从马来亚穿山甲中分离出的一种冠状病毒在E，M，N和S基因中分别与2019-nCoV表现出100％，98.2％，96.7％和90.4％的氨基酸一致性。特别地，穿山甲冠状病毒的S蛋白的受体结合域实际上与2019-nCoV的S蛋白的受体结合域相同，仅具有一个氨基酸差异。通过现有基因组的比较表明，2019-nCoV可能起源于穿山甲CoV样病毒与Bat-CoV-RaTG13样病毒的重组。感染的穿山甲表现出临床症状和组织病理学变化，并且循环抗体可与2019-nCoV的S蛋白反应。穿山甲中与2019-nCoV高度相关的冠状病毒的分离表明，这些动物具有充当2019-nCoV中间宿主的潜力。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.17.951335v1
三、流行病学研究
1. 2020年2月19日《The Lancet Infectious Diseases》：开放获取的COVID-19疫情流行病学数据
机构或团队：牛津大学
事件概要：
牛津大学的研究人员于2020年2月19日在The Lancet Infectious Diseases发表题为“Open access epidemiological data from the COVID-19 outbreak”的通讯文章。
2019年冠状病毒病（COVID-19）在中国迅速蔓延。在流行病早期，获得准确和可靠的流行病学、临床和实验室数据，对于指导公共卫生决策非常重要。流行病学信息的记录，了解传染性、地理传播风险、传播途径和感染风险因素，可为流行病学建模提供基线，为应对规划和控制措施提供信息。疫情暴发期间，很少能公开实时数据，使用各种模型和假设进行多种分析，有助于达成共识。这与基因组数据的开放共享存在相似之处。
研究人员建立了个人信息库，用于收集实验室确诊的COVID-19患者（在中国，通过在市和省疾病预防控制中心检测病毒核酸确认）病理信息，包括出行历史、位置（可用的最高分辨率和相应的经纬度）、症状和报告的发病日期，以及确认日期和基本人口统计数据。信息有多种来源，包括世卫组织、卫生部以及中国地方、省和国家卫生部门的官方报告。数据公开并定期更新（大约每天两次）。这些数据可为规划、建模和流行病学研究建立证据，更好地向公众、决策者、国际组织和资助者通报所处位置以及如何改进监测、应对工作和资源提供，这是控制COVID-19流行病的关键因素。
COVID-19流行病正在迅速蔓延，有必要建立计算基础设施，以应付的病例报告大量增加。数据共享对于评估和维持准确的病例报告至关重要。
原文链接：
https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30119-5/fulltext#%20
2. 2020年2月19日《新英格兰医学杂志》观点文章：COVID-19的流行病学定义需要进行研究
机构或团队：哈佛大学公共卫生学院流行病学系传染病动力学中心；辉瑞疫苗；默克公司
事件概要：
《新英格兰医学杂志》于2020年2月19日发表了题为“Defining the Epidemiology of Covid-19 — Studies Needed”的观点文章。
文章称，中东呼吸综合征(MERS)、大流行性流感和其他疫情暴发的经验表明，随着疫情的发展，迫切需要扩大公共卫生活动，以便阐明这种新病毒的流行病学并描述其潜在影响的特征。流行病的影响取决于受感染的人数、传染率和临床严重程度。
早期在确定SARS-CoV-2特征方面的投资将在改进流行病应对方面获得可观的回报。如许多专家预期的那样，如果在中国境外出现持续的传播，那么这种流行病的紧迫性将迫使人们做出选择：在何种情况下、在多长时间内采取何种干预措施。及时开展这些流行病学和监测活动将使人们能够选择最有效的控制该流行病的方法，并帮助人们避免可能对正常活动造成不必要的代价或过分限制的干预措施。
中国的许多城市中心现在或将很快被重症病例的治疗所淹没。对他们中的许多人来说，进行这里所描述的那种研究可能是困难的。一种例外情况是对未被怀疑患有Covid-19或患有轻微呼吸道疾病的人进行系统调查，以评估他们当前是否正在亚临床感染（病毒检测），先前是否已感染（血清学检测）或两者都有。这些研究将为严重程度谱图的估计提供信息，在病例最多的环境中将提供最丰富的信息。
幸运的是，在中国以外地区发现的病例数量仍然可以由公共卫生部门管理，而对于进行此类研究而言则太少了。但是，随着病例数量的增长，对于中国大陆以外的司法管辖区准备进行这些研究至关重要。
原文链接：
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp2002125
四、临床特征和管理
1. 2020年2月20日《The Lancet Infectious Diseases》SARS-CoV-2家族感染无症状病例分析
机构或团队：广州医科大学第三附属医院、广州市疾病预防控制中心、武汉大学中南医院
事件概要：
广州医科大学第三附属医院等的研究人员于2020年2月19日在The Lancet Infectious Diseases发表题为“Asymptomatic cases in a family cluster with SARS-CoV-2 infection”的通讯文章。
新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起的肺炎暴发，引起了全世界的关注，如果不加以严格控制，可对公众健康构成严重威胁。在先前报道的家族感染案例中，大多数感染者具有临床症状，淋巴细胞计数减少，胸部CT图像异常，定量RT-PCR（qRT-PCR）反应呈阳性，部分家庭成员胸部CT异常，qRT-PCR阳性，无任何临床症状。研究人员报道了SARS-CoV-2家族感染的临床特点。在感染的一家三口中， 35岁男性（患者1）有临床症状，淋巴细胞计数下降，胸部CT异常，qRT-PCR阳性，33岁女性（患者2）和3岁男孩（患者3）均无症状，淋巴细胞计数和胸部CT图像正常，但qRT PCR结果阳性。2020年1月22日，患者1与妻子（患者2）和儿子（患者3）乘坐高铁从武汉（中国湖北）前往广州（中国广东）。1月26日，1号病人发烧37.5℃，持续1天。次日，患者以37.4℃的体温到广州医科大学第三附属医院就诊，当天出现咽喉痛、关节痛、肌痛，无寒战、头痛。1号病人于1月27日至29日进行观察，期间体温正常。1月27日，血常规显示白细胞和淋巴细胞计数正常，淋巴细胞百分比下降。症状出现后2天的胸部CT扫描显示双侧多小叶和亚段磨玻璃样混浊和实变。1号病人的两组鼻咽拭子在qRT-PCR检测中呈SARS-CoV-2阳性。
在同一观察期（1月27日至29日），2号和3号患者没有任何体征或临床症状，白细胞或淋巴细胞计数正常。1月28日，这两名患者的胸部CT图像没有明显的异常。但是，与患者1同时采集的两组鼻咽拭子样本在qRT-PCR上检测出SARS-CoV-2阳性。三人均被确诊为SARS-CoV-2感染，并转送广州市第八人民医院传染病科隔离治疗。在这个家族中，所有个体在qRT-PCR上都检测出SARS-CoV-2感染阳性，但只有1号患者出现临床症状、淋巴细胞计数下降和胸部CT异常。这三个人中的任何一个都可能是第一个被感染的人，将病毒传播给其他两个家庭成员。无症状患者（如2号和3号患者）可能不知道自己的疾病，因此不会隔离自己或寻求治疗，或者他们可能被保健专业人员忽视，进而在不知情的情况下将病毒传播给他人。
为了尽早预防和控制这种高传染性疾病，有SARS-CoV-2感染家庭成员的人，即使没有任何症状，也应密切监测和检查，排除感染。
原文链接：
https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(20)30114-6/fulltext#%20
2. 2020年2月19日《BMJ》浙江大学李兰娟团队分析浙江省SARS-Cov-2感染患者的临床数据
机构或团队：
浙江大学医学院附属第一医院、温州市中心医院、台州恩泽医疗中心、温岭市第一人民医院、温州医科大学附属舟山医院、宁波大学医学院附属鄞州医院、浙江省台州医院、浙江树人大学树兰国际医学院附属树兰（杭州）医院
事件概要：
浙江大学医学院附属第一医院李兰娟院士等于2020年2月19日在BMJ期刊上发表题为“Clinical findings in a group of patients infected with the 2019 novel coronavirus (SARS-Cov-2) outside of Wuhan, China: retrospective case series”的文章。
研究人员2020年1月10日至2020年1月26日收集了入院的62例实验室确诊SARS-Cov-2感染患者的数据。在接受研究的62名患者（中位年龄为41岁）中，只有一名患者被送往重症监护病房，研究期间没有患者死亡。根据研究，浙江省没有任何感染者曾接触过该病毒的原始来源华南海鲜市场。所有研究病例均通过人际传播感染。发病时最常见的症状是发烧48例（77%），咳嗽50例（81%），咳痰35例（56%）头痛21例（34%），肌痛或疲劳32例（52%） ，腹泻3例（8%）和咯血2例（3%）。入院时只有两名患者（3%）出现呼吸急促。从接触到疾病发作的中位时间为4天，从症状发作到首次住院的中位时间为2（1-4）天。文章指出，截至2020年2月上旬，与武汉市初次感染SARS-Cov-2的患者相比，浙江省患者的症状较轻。
原文链接：
https://www.bmj.com/content/368/bmj.m606
五、候选疗法的研发
1. 2020年2月19日ChemRxiv：通过深度对接13亿种化合物快速识别前1000个SARS-CoV-2主蛋白酶的潜在抑制剂供进一步开发和表征
机构或团队：英属哥伦比亚大学
事件概要：
ChemRxiv于2月19日出版了英属哥伦比亚大学发表的预印本文章“Rapid Identification of Potential Inhibitors of SARS-CoV-2 Main Protease by Deep Docking of 1.3 Billion Compounds”。
文章指出，针对COVID-19疾病目前尚无FDA批准的治疗方法或有效疗法可以有效抵抗疫情。这种紧急情况正迫使世界对SARS-CoV-2新型疫苗或小分子疗法的开发做出回应。通过这些努力，SARS-CoV-2主蛋白酶（Mpro）的结构已迅速破解并公开提供，推动了全球新型候选药物的开发。
文章指出，最近几个月，该研究团队开发了一个新的深度学习平台–深度对接（DD），与传统的对接工作流程相比，它可以非常快速地对接数十亿个分子结构，并提供最高达6000倍浓缩的潜在配体（6,000X enrichment on the top-predicted ligands）。目前，研究团队将DD应用于ZINC15库中的全部13亿个化合物，以识别SARS-CoV-2主蛋白酶的前1000个潜在配体。这些化合物已公开提供，可供科学界进一步表征和开发。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://chemrxiv.org/articles/Rapid_Identification_of_Potential_Inhibitors_of_SARS-CoV-2_Main_Protease_by_Deep_Docking_of_1_3_Billion_Compounds/11860077
2. 2020年2月20日ChemRxiv：基于FDA批准药物筛选出包括氯喹和福莫特罗在内的16种新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的木瓜样蛋白酶潜在抑制剂
机构或团队：印度巴巴原子研究中心辐射生物学与健康科学部；印度霍米巴巴国家研究所
事件概要：
ChemRxiv于2月20日出版了印度巴巴原子研究中心等发表的预印本论文“Potential inhibitors against papain-like protease of novel coronavirus (SARS-CoV-2) from FDA approved drugs”。
文章认为，当前尚未批准任何用于治疗2019新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染的药物。在这种情况下，需要考虑利用FDA已批准的药物来治疗该疾病。可以通过测试它们抑制病毒生命周期必不可少的SARS-CoV-2蛋白的能力来合理选择这些药物。我们选择了一种至关重要的病毒蛋白，即木瓜样蛋白酶（PLpro），用以计算机筛选FDA批准的药物。基于SARS冠状病毒PLpro的结构建立了蛋白酶的同源性模型，并将药物停靠在酶活性位点的S3 / S4口袋中。在研究团队的对接研究中，发现包括氯喹（chloroquine）和福莫特罗（formoterol）在内的16种FDA批准的药物以显着的亲和力和良好的几何结构结合目标靶酶，表明它们有可能被用于对抗病毒治疗。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：
https://chemrxiv.org/articles/Potential_Inhibitors_Against_Papain-like_Protease_of_Novel_Coronavirus_COVID-19_from_FDA_Approved_Drugs/11860011/2
3. 2020年2月18日：新思路 | 应对新冠肺炎病毒变异，哈佛学者首次提出以毒攻毒策略：基因编辑技术会大放异彩
机构或团队：美国哈佛医学院
事件概要：
新型冠状病毒2019-nCov（2020年2月12日被ICTV Coronaviridae研究组命名为SARS-CoV-2）引起严重的呼吸道疾病，并迅速在全球传播。截至2020年2月18日，中国报告了72436例确诊的COVID-19和1868例死亡人数。这些数字每天都会更新，而且预计还会进一步增加。这就迫切需要对致命疾病进行有效治疗。但是，当前的抗病毒药物对2019-nCov（SARS-CoV-2）的作用有限。尽管吉利德（Gilead）的NUC（核苷）抑制剂（以前无法治疗埃博拉病毒）似乎使美国华盛顿的2019-nCov（SARS-CoV-2）患者受益，但尚不清楚该药物是否会对其他患者有效抵抗病毒体。
研究人员对来自中国，美国和澳大利亚的19位患者的2019-nCov（SARS-CoV-2）RNA基因组的分析表明，这些病毒的序列存在差异（图1a）。这些差异主要是单核苷酸变异。图1b显示了一个单核苷酸变异的例子，该变异导致2019-nCov ORF8（SARS-CoV-2）的ORF8氨基酸62和84发生变化，这是一种与冠状病毒从蝙蝠向人类过渡有关的多肽。患者样本表明，2019-nCov（SARS-CoV-2）正在积极获得可能使其逃脱抗病毒药物的新突变。这对常规药物和疫苗的开发提出了严峻的挑战。
研究人员已使用CRISPR / Cas13d技术在实验室中实施了一种灵活高效的靶向RNA的方法，该系统可用于特异性靶向2019-nCov（SARS-CoV-2）RNA基因组，从而限制其繁殖能力。为了功能上破坏病毒，研究人员同时靶向ORF1ab和S的引导RNA（gRNA），它们代表病毒的复制转录酶（ORF1ab）和Spike蛋白（S）。吉利德的NUC抑制剂remdesivir具有与HIV逆转录酶抑制剂相似的化学结构，目前正在2019-nCov（SARS-CoV-2）的临床试验中进行测试。
CRISPR / Cas13d是一种RNA导向，靶向RNA的CRISPR系统。为了切割2019-nCov（SARS-CoV-2）RNA基因组，Cas13d蛋白和包含与病毒RNA基因组特异性互补的RNA。 CRISPR / Cas13d系统的一个优势是其在设计指导RNA方面的灵活性，因为Cas13d的RNA靶向切割活性不依赖于特定相邻序列的存在，例如DNA编辑效应子Cas9的NGG基序。系统的这一独特功能满足了快速开发指导RNA的要求，以靶向可进化并可能逃脱传统药物的不同病毒变体。
研究人员总共设计了10,333个sgRNA，以特异性靶向2019-nCov（SARS-CoV-2）病毒RNA基因组的10个肽编码区，而不会影响人类转录组（图1d）。由于其理想的安全性，腺相关病毒（AAV）可以用作将Cas13d效应子传递给感染2019-nCov（SARS-CoV-2）的患者的载体。 Cas13d效应器的小尺寸使其适合通过导向RNA阵列进行“多合一” AAV递送，从而使该系统更有效地用于病毒清除和耐药性预防。Cas13d的表达可由组织特异性启动子驱动，以实现感染器官的精确治疗。此外，AAV具有高度特异于肺的血清型，肺是被2019-nCov感染的主要器官（SARS-CoV-2），因此可以用于CRISPR系统的靶向递送。
综上所述，研究人员认为CRISPR / Cas13d系统可能是一种用于治疗和预防RNA病毒感染的直接，灵活和快速的新颖方法。在对患者进行治疗性应用之前，需要进一步的研究来确定该系统在消除动物模型中的2019-nCov（SARS-CoV-2）和其他病毒方面的安全性和有效性。如果被证明是有效的，这种治疗方法将为全世界的患者提供更多选择，以对抗威胁生命的病毒。
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41422-020-0290-0
六、应对疫情相关的社会科学层面诸多问题的潜在驱动因素
1. 2020年2月18日medRxiv预印本：调查：COVID-19暴发初期群众的心理反应、行为变化和社会认知
机构或团队：复旦大学公共卫生学院
主要内容：
复旦大学公共卫生学院在medRxiv预印本平台发表论文“Psychological responses, behavioral changes and public perceptions during the early phase of the COVID-19 outbreak in China: a population based cross-sectional survey”。文章探讨了中国在应对SARS-CoV-2疫情时群众心理反应、行为变化和社会认知。
文章表明，武汉的志愿者中度或重度焦虑的患病率（GAD-7得分≥10）为32.7％（n = 167），上海的志愿者为20.4％（n = 102）。易感性、严重程度和信息的混乱程度越高，得分越高。文章最后指出，在疫情暴发的上升阶段，群众的身心反应显著，该调查为及时发布准确可靠信息以解决高焦虑的问题提供支持。
*注，本文为预印本论文手稿，是未经同行评审的初步报告，其观点仅供科研同行交流，并不是结论性内容，请使用者谨慎使用。
原文链接：https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.18.20024448v1
（资料来源：中国科讯、COVID-19科研动态监测、iNature）
