乙脑病毒属于虫媒病毒黄病毒科黄病毒属。毒粒为球形，有包膜，直径20-30nm，为二十面体结构。基因是正链单股RNA，包装于病毒核衣壳中，外层为脂膜（包膜）。包膜中有糖基化蛋白E和非糖基化蛋白M。E蛋白是主要抗原成分，具有特异性中和以及血凝抑制抗原决定簇。乙脑病毒加热至56℃30分钟即可灭活。来苏水对该病有很强的灭活作用（1% 5分钟，或5% 1分钟即可灭活）。对去氧胆酸钠、乙醚、氯仿等均很敏感。在地鼠肾、C6/36和BHK-21等有明显致细胞病变作用；乳鼠脑内接种敏感，一般2-3天即可发病死亡，因此目前实验室常用以上两种方法分离乙脑病毒。