本病潜伏期不明，可能在一周以上，临床表现分为：

1．急性期 此虫侵入部位可形成红斑和硬结，称为恰加斯结节，一般可持续存在数周。若侵入部位在结膜，则可见单侧眼睑肿胀，肿胀系组织中粘液样物沉积所致，故为非凹陷性，同时可见同侧睑结膜炎与耳前淋巴结炎，称为罗曼尼亚征，是本病早期的特征性表现。其他急性症状还包括发热，皮疹，肌肉关节痛，嗜睡，腹泻，水肿，全身淋巴结肿大，肝脾肿大，呼吸紊乱，发绀，昏迷等。

2．隐匿期 绝大多数急性期症状和体征在数周至数月时间内自发的逐渐消退。此期无任何临床症状和体征，显微镜检查外周血涂片亦难以发现克氏锥虫，但特异性抗体存在。50～70%患者停留于此期，持续终身，不再发病。在免疫抑制如AIDS患者中，外周血中可找到克氏锥虫。

3．慢性期 约1/3患者经历隐匿期后逐渐进入慢性期，常发生于感染后10～20年。其中约94.5%患者可累及心脏，称为恰加斯心脏病。表现为心悸，眩晕，心前区不适，甚至晕厥等，多由心律不齐，包括室外早搏、心动过速、传导阻滞等所致。查体可见不规则脉，心音遥远，偶可及奔马律。而后可逐渐发展至心肌肥大或心力衰竭（多为右心衰）。可见心脏增大，伴见充血性肝肿大和外周性水肿。部分患者可见食管和结肠扩张，继而形成巨食管和巨结肠。其中尤以巨食管多见，表现为吞咽苦难，胸痛及食管反流症状等；而巨结肠患者可见腹痛和长期便秘。恰加斯心脏病、巨食管、巨结肠可见于同一患者。此外，少数患者还伴有交感神经和副交感神经末梢损伤。

4. 并发症

急性期可伴有心肌炎、脑膜脑炎等，多发于低龄患者。发生室性心动过速可导致猝死。慢性期见恰加斯心脏病者可有附壁血栓形成，继发肺、脑等器官栓塞；巨食管患者可有继发性肺炎，唾液腺肥大和食管癌等；巨结肠患者可伴肠扭转、肠梗阻和肠穿孔等。