一、形态与染色: 肾形或豆形革兰阴性双球菌，两个菌的接触面平坦或略向内陷，直径0.6~0.8μm。人工培养后可成卵圆形或球状，排列较不规则，单个、成双或4个相联等。
二、培养特性: 营养要求较高，需在含血清、血液等的培养基中方可能生长。最常用的是经80℃以上的加温的血琼脂平板；由于血液经热变色似巧克力， 故名巧克力（色）培养基。专性需氧，5%CO2条件下生长温度为37℃，低于30℃不生长。最适宜pH为7.4~7.6。37℃孵育24h后，形成直径1.0~1.5mm的无色、圆形、光滑、透明，似露滴状的菌落。
三、生化反应 大多数脑膜炎奈瑟菌分解葡萄糖和麦芽糖，产酸，不产气。
四、抗原结构与分类 脑膜炎奈瑟菌的主要抗原组分有四种。
1．荚膜多糖群特异性抗原 目前国外已分成A、B、C、D、X、Y、Z、29E、W135和L等10个血清群。我国建立了H、I、K三个新血清群，故总计13个血清群，其中以C群致病力最强。
2．外膜蛋白型特异性抗原 根据菌外膜蛋白组分不同，脑膜炎奈瑟菌各血清群又可分为若干血清型，但A群除外，其所有菌株的外膜蛋白相同。
3．脂多糖抗原 与大肠埃希菌间有交叉反应。
4．核蛋白抗原 无特异性，与肺炎链球菌者相同。
抵抗力 对理化因素的抵抗力很弱。对干燥、热力、消毒剂等均敏感。在温室中3h即死亡；55℃ 5min内被破坏。1%石炭酸、75%乙醇或0.1%苯扎溴铵可迅速使之死亡。