中国疾病预防控制中心研究生教育始于1984年。中心有基础医学、公共卫生与预防医学2个一级学科博士硕士学位授予点，免疫学、病原生物学、放射医学、流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学等8个二级学科博士硕士学位授予点，以及公共卫生硕士（MPH）专业学位学位授予点，其中病原生物学被评为北京市重点学科。截至2017年3月，现有导师共258人，其中博士生导师76人（含院士5名，其中中科院院士2名、工程院院士3名），硕士生导师154人，MPH 导师28人。在读研究生582人（全日制博士生169人、全日制硕士生275名、在职公共卫生硕士138名）。共授予博士学位812人、硕士学位2203人（其中学术型硕士学位1623人、MPH 学位580人）。中心有基础医学、公共卫生与预防医学2个博士后科研流动站，截至2017年3月，共招收博士后科研人员191人，现在站博士后26人。

　　2007年以来与澳大利亚格里菲斯大学合办“中国疾病预防控制精英培养（CDCLP）”奖学金项目，已有五批共计58名公共卫生专业人员赴澳参加学习，其中33人获得了MScPH（格里菲斯大学）硕士学位。2002-2016年，中心共举办国家级继续医学教育项目822项，培训学员近9.6万人次，其中传染病预防控制国家级继续医学教育基地项目132项、培训学员近1.5万人次。2001-2017年，中国现场流行病学培训项目（CFETP）累计招收16 期共331名学员，累计有248名学员毕业；2期西部FETP共招生81名学员，76名学员已毕业。毕业学员成为各级疾控机构的业务骨干。