凡黑热病流行区内的居民，或在白蛉季节内（5-9月）有流行区居住史的人员， 有长期不规划发热， 脾脏呈进行性肿大等上述临床表现者，必须进行病原学检查。骨髓、脾或淋巴结穿刺物涂片查见利什曼原虫，或将穿刺物接种于三N培养基内培养出利什曼原虫的前鞭毛体均可确诊。

免疫诊断实验阳性结果有辅助诊断价值，如间接荧光抗体试验(IFAT)，酶联免疫吸附试验(ELISA)，PVC薄膜快速ELISA，间接血凝(IHA)等方法检测抗体；或用单克隆抗体斑点－ELISA(McAb斑点－ELISA直接法)、单克隆抗体－抗原斑点试验(McAb－AST法)以及单克隆抗体－酶联免疫电泳转移印斑试验(EITB)检测循环抗原。

皮肤型黑热病：多数病例在数十年或十余年前有黑热病史，也可发生在黑热病病程中；少数患者无黑热病史，为原发性病例。在面、四肢或躯干部有皮肤结节、丘疹和红斑、偶见褪色斑，白细胞计数可增至10000/mm²，嗜酸性细胞常在5％ 以上。结节、丘疹的组织液或组织刮取物的涂片镜检或培养查见利什曼原虫可确诊。

淋巴结型黑热病：多发生于以婴儿发病为主的黑热病流行区(荒漠、山丘地带)居住或在流行季节有到该地旅游经历的成年人中。患者颈、耳后、腋窝、腹股沟或滑车上的淋巴结肿大如花生米至蚕豆般大小，较浅，可移动。肝、脾不肿大，嗜酸性细胞增多。于无菌条件下从肿大的淋巴结吸取组织涂片镜检或培养或从淋巴结的组织切片上查见利什曼原虫可确诊。