据气象和水文部门预测，2016年我市汛期暴雨洪涝较常年偏重，有10-12次区域性暴雨天气过程，部分江河可能发生超警、超保洪水。中央政治局委员、市委书记孙政才做出“要再检查、再落实，切实做好今年防汛抗旱工作”的重要指示。5月13日，重庆市卫生计生委下发了《关于切实做好自然灾害卫生应急工作的通知》，要求各级医疗卫生机构切实做好全市洪涝、干旱等自然灾害卫生应急工作。

中心党政领导高度重视，按照市卫生计生委要求，积极作出工作部署，未雨绸缪，精心准备，随时应对可能发生的暴雨洪涝灾害。一是成立8个卫生应急工作组，由中心班子成员任组长，相关专业技术人员为成员，按照分片包干负责的方法，定向联系相应区县；二是积极做好物资储备和技术储备，补充采购应急物资，全面清理调试应急设备，做到随时可以拉出去用得上；三是在全中心开展卫生应急工作动员，要求各部门调整工作安排，保证应急队员能随时到位；四是加强值班工作，随时保持信息畅通，密切关注气象水文情况。

6月19日，重庆发生入汛以来的最强降雨。我市14个区县及万盛经开区受灾，受灾人口206992人，因灾死亡9人，紧急转移安置18222人，倒塌房屋518间，严重损坏房屋1029间，一般损坏房屋3159间，直接经济损失28329.1万元。

灾情发生后，中心按照工作部署和相关预案启动应急响应。按照事先制定的片区应急响应计划，迅速派出工作组前往灾区开展工作。6月20日，肖邦忠主任医师率专业技术人员赶赴江津指导灾后防病；6月21日，肖邦忠率专业技术人员赶赴沙坪坝区， 向旭副主任率第5组赶赴彭水、武隆，深入现场了解灾情，指导当地开展救灾防病工作。其余6组集结待命。

与此同时，中心迅速向受灾严重的江津、铜梁等地紧急调拨了价值2.4万元的消杀药械，包括顺式氯氰菊酯4件、二氯异氢尿酸钠消毒粉剂10件和饮水消毒片8件、机动喷雾器4台、手动喷雾器4台。中心应急库房还准备了价值25万元的各类消杀药械，随时可以向受灾区县发放。

21日下午3：30时，为确保及时有效开展救灾防病工作，中心主任王豫林、党委书记刘强主持召开救灾防病工作会。中心领导班子全体成员，以及卫生应急、流行病学、消杀、公卫等相关专业技术人员参会。会议通报了各地灾情，讨论和部署目前的工作重点，要求各部门密切关注各地气象状况，加强与委应急办及各区县疾控中心的联络，及时掌握各地灾情和救灾防病工作开展情况；加强日常传染病疫情和突发公共卫生事件的监测报告工作，开展疫情动态分析，特别关注洪涝灾害后极易发生的霍乱、痢疾、肝炎、感染性腹泻等肠道传染病，流感、麻疹、风疹等呼吸道传染病，乙脑、钩体、出血热等自然疫源性疾病和鼠传疾病的暴发流行，以及饮水、食物安全事件的发生；严格24小时值守和相关信息的报送；完成物资应急采购；全面检查消杀器械和车辆，以应对未来可能发生的洪涝灾害。