灾情发生后，市疾控中心密切关注綦江灾情，积极与綦江区疾控中心联系，随时掌握灾情情况和当地抗洪救灾工作进展，指导当地开展抗洪救灾和灾后防病工作，市疾控中心卫生应急第5工作组进入待命状态，随时准备开赴綦江开展工作。

6月29日，綦江城区水位下降至警戒水位以下，清淤工作全面展开，綦江区疾控中心迅速组织防疫人员开展消杀工作，确保“洪水退到哪里，消杀工作就做到哪里”。7月1日，随着清淤工作全面展开，綦江城区内洪水淹没地区大部清理完毕，消杀工作量剧增。市疾控中心迅速派出以卫生应急第5工作为骨干组成的应急队伍，包括消杀车一台，防疫工作人员5名，由中心主任医师肖邦忠率领，驰援綦江。

工作人员到达现场后，迅速展开现场调查，摸清底数，制定工作方案。调查发现，綦江城区綦河两岸受灾最为严重，该地区为商业文化中心，两岸商铺林立，人口稠密。除大量商铺外，还分布着居民区、学校、医院、社区服务中心等公共服务机构。此次洪灾导致两岸两公里范围内被淹，最深淹没深度达两米，淹没面积达100万平方米，损失惨重。洪水过后，蚊虫密度显著升高，虫媒传染病、消化道传染病成为当地居民面临的主要公共卫生威胁。

根据现场情况，应急队迅速拟定了以杀虫为主，兼顾消毒的现场消杀计划，全面展开消杀工作。利用消杀车覆盖面积广的特点，重点对綦河两岸街道、学校、广场等场地开阔区域进行消杀。同时，居民住家、小巷等地势狭窄场所，采取人工喷洒的方式进行作业。消杀面积达80万平方米，确保消杀工作不留死角，基本覆盖洪水淹没区域。

与此同时，应急队流行病学人员深入社区、学校、医院，指导当地开展传染病监测、环境卫生、食品饮水安全、卫生宣传教育等灾后防病工作。