日本国立感染症研究所（National Institute of Infectious Diseases, NIID）隶属于日本厚生劳动省，其主要职责是开展传染病监测、研究、防控以及国际合作。中国疾控中心于2006年与NIID签署传染病防治合作备忘录，之后每年举行机构负责人年度会议，以交流和探讨有关传染病防控的关键议题。 

　　自2007年起，中国疾控中心与日本国立感染症研究所、韩国疾控中心（现韩国疾控署）建立中日韩传染病防控论坛机制，并已轮流举办18届论坛相关活动。 

　　官网：https://www.niid.go.jp 

2023年，中国疾控中心与日本国立感染症研究所负责人举行年度会晤