中国疾控中心病毒病所国家流感中心对各疫情发生省份报送的病例和密切接触者以及环境标本开展实验室检测，优化了核酸检测方法，初步建立了反向凝集试验的血清学检测方法，向有关省份和武警疾控中心、传染病重大专项的7家相关实验室发送了H7N9病毒Real-time PCR核酸检测试剂。

截止4月6日，中国疾控中心先后3次派出工作组，分别赴上海、江苏、安徽进行防控工作技术指导，进行流行病学调查、标本采集与报送等工作。

4月1日，通过视频系统举办了全国人感染H7N9禽流感疫情技术培训和防控工作会议，介绍了人感染H7N9禽流感疫情，并提出当前防控工作重点。相关专家分别就《人感染H7N9禽流感病毒病原学特点及实验室检测》和《人感染H7N9禽流感诊断和治疗》进行了培训。各省疾控中心、安徽省全部地市疾控中心、解放军疾控中心、武警部队疾控中心及其下属疾控机构参加了培训。

4月1日，中国疾控中心全面动员，启动应急机制，中心成立人感染H7N9禽流感防控工作领导小组，下设综合协调组、应急技术组、实验室检测组、风险沟通与媒体协调组、对外联络组、后勤保障组、专家咨询组等7个工作小组，集中办公，按照国家卫生与计划生育委员会的要求，启动例会、信息通报和应急值班等工作机制，全面开展工作。